Sağlık Hizmetleri, Sağlık Kültür ve Spor Daire Başkanlığı bünyesinde yer alan Öğrenci Sağlık Merkezi Tarafından günde 24 saat kesintisiz olarak verilmektedir.

Öğrenci Sağlık Merkezinin yapısının içinde genel polikliniğin yanı sıra diş polikliniği de bulunmaktadır. Sağlık Merkezi aynı zamanda üniversite çalışanlarının işyeri hekimliği görevinide üstlenmektedir.

Merkezin amacı, öğrenimleri süresince öğrencilerin acil tıbbı gereksinimlerini karşılamaktır. İlk muayene ve müdahale ücret alınmaksızın yapıldıktan sonra, ileri tetkik ve tedavi gerektiren durumlarda öğrenci, Başkent Üniversitesi Hastanesine sevk edilmekte, tedavinin devamı ve izlenmesi, öğrencinin kendisinin veya ailesinin bağlı bulunduğu sosyal güvenlik kuruku tarafından sağlanmaktadır. Acil tedaviye ilişkin ilaç bedellerinin büyük bir kısmı üniversite tarafından karşılanmaktır.